在更換為其他流動相體系之前，務必確保流動相的兼容性。請用至少10倍柱體積的流動相平衡色譜柱（色譜柱體積請參見表1）。
當色譜柱達到恒定背壓時，可認為該柱已達到熱力學平衡。
表1.不同規格色譜柱柱體積(mL)（乘以 10得到沖洗色譜柱所用的流動相體積）
為了避免流動相緩沖鹽在色譜柱或系統中發生析出，請使用5倍柱體積的水/有機溶劑混合溶液沖洗色譜柱，其中有機溶劑比例應與所需緩沖鹽流動相中的有機溶劑比例相同或更低。（例如，引入60%甲醇/40%緩沖鹽流動相之前，應使用60%甲醇水溶液沖洗色譜柱和系統。）
對于采用BEH HILIC填料的色譜柱，用50倍柱體積的50:50乙腈:水溶液（含最終濃度為10 mM的緩沖鹽）進行沖洗。對于采用BEH Amide填料的色譜柱，用50倍柱體積的60:40乙腈:水溶液進行沖洗。進第一針樣品前，用20倍柱體積的流動相（初始條件）平衡色譜柱（色譜柱體積請參見表1）。請參閱“BEH HILIC色譜柱入門"或“Amide色譜柱入門"獲取詳細信息。
